Он появился на свет 22 июня 1963 года в Ленинграде. Семья будущего актёра была далека от мира искусства — отец работал в ЖЭКе, мама трудилась на должности инженера-конструктора. Серёжа с детства обращал на себя внимание — он рос весёлым и артистичным ребёнком с копной рыжих волос и яркими веснушками по всему лицу.
Когда по радио объявили, что «Ленфильм» ищет талантливых детей для пополнения актёрской картотеки, родители Серёжи решили воспользоваться шансом. Фотографии мальчика отправили на киностудию, а вскоре его уже пригласили сыграть в 12-минутной научно-популярной картине «Мальчик и машина».
После успешного дебюта десятилетнего Серёжу позвали ещё в одну короткометражку — в комедии «Где это видано, где это слыхано» по рассказу Виктора Драгунского юный актёр сыграл Дениску Кораблёва. Картина получила несколько наград на фестивалях детского кино, а на исполнителя главной роли посыпались предложения от режиссёров.
После выхода фильма юного актёра перевели в школу №345, где проходили съёмки. Здесь учителя относились к Серёже со всей строгостью, не делали никаких поблажек для восходящей звезды экрана.
Уже через год он исполнил главную роль в приключенческой комедии по пьесе Сергея Михалкова «Дорогой мальчик». Крупеников сыграл юного наследника консервных заводов Джорджа Роб-Ронсона, которого похитили с целью получить огромный выкуп от отца-миллионера.
Картина оказалась настоящим боевиком — на съёмках 11-летний Крупеников впервые сел за руль автомобиля, и хотя на педали нажимал профессиональный гонщик, машина разгонялась до 70-80 километров в час.
На площадке Серёжа познакомился со звёздами кино — Георгием Вициным, Владиславом Стржельчиком, Ириной Азер, Александром Белявским. После премьеры парень несколько раз появлялся на обложке «Советского экрана» и даже ненадолго поймал звёздную болезнь.
Спустя два года Сергей Крупеников получил главную роль в двухсерийном телефильме «Весёлое сновидение, или Смех и слёзы», где сыграл пионера Андрюшу Попова. Его партнёршей по съёмкам стала юная актриса Юля Шулепова, а также именитые актёры Сергей Филиппов, Георгий Вицин, Евгений Моргунов и клоун Олег Попов.
В 14 лет Сергея пригласили на главную роль в музыкальной сказке «Волшебный голос Джельсомино» по повести Джанни Родари. Пел и говорил за школьника в этом фильме профессиональный музыкант Сергей Беликов. После премьеры перед Крупениковым остро встал вопрос — продолжать сниматься или сосредоточиться на учёбе?
Уже тогда парня начала тяготить популярность, жить напоказ ему совсем не нравилось. В результате Сергей решил оставить кино и начал упорно навёрстывать пропущенную школьную программу. Он сделал упор на математику и сумел подготовиться к поступлению в технический вуз. Лишь однажды Крупеников побывал на пробах в Минске, но после этого убедился, что быть актёром на хочет.
После школы Сергей Крупеников поступил в Ленинградский институт холодильной промышленности, который впоследствии успешно окончил. Бывший актёр прошёл военную службу на Кольском полуострове, где руководил продовольственной службой полка.
Вернувшись в Ленинград, Крупеников несколько лет работал в местной торговой фирме «Гастроном», а затем создал собственную компанию «Холодильный сервис». Бизнес оказался успешным — на протяжении многих лет Крупеников поставлял холодильное оборудование в магазины и рестораны Санкт-Петербурга.
Все гонорары, полученный Сергеем за съёмки в кино, его мама бережно складывала на сберегательную книжку. Часть этих денег Крупеников потратил на собственную свадьбу — его избранницей стала девушка по имени Елена. В браке родился сын Алексей.
К сожалению, рыжему мальчику из советских фильмов была уготована не слишком долгая жизнь. 26 августа 2012 года Сергей Крупеников катался на велосипеде в посёлке Белоостров, когда его сбил автомобиль. 49-летний актёр скончался на месте, а виновник скрылся и так и не был найден.
Сергея Крупеникова похоронили на Песочном кладбище Санкт-Петербурга. По трагическому совпадению до 50 лет не дожил и напарник актёра по детскому фильму «Где это видано, где это слыхано» — Алексей Сироткин скончался в 44 года от тяжёлой болезни.
